Penyakit Kawasaki sering kali bermula dengan demam berpanjangan yang tidak bertindak balas kepada dos normal paracetamol (acetaminophen) atau ibuprofen. Demam mungkin berkekalan selama sehingga dua minggu dan biasanya diiringi dengan keresahan. Demamnya menyerang dengan cepat pada permulaan dan seterusnya naik turun dari demam sederhana (101 ke 104 F) ke demam tinggi (lebih dari 104 F). Noda limpa pada bahagian leher mungkin bengkak. Kanak-kanak yang dijangkiti mempunyai mata merah (konjunktivitis), selaput lendir merah pada mulut, bibir merkah merah, Lidah kanak-kanak mungkin merah dan menunjukkan benjol-benjol yang kecil (papillae) "lidah strawberi", iritis, peluh keratik (keratic precipitates) (dikesan oleh ophthalmologist tetapi biasanya terlalu kecil untuk dilihat dengan menggunakan mata kasar), dan bengkak nod lymph. Ruam kulit berlaku awal serangan penyakit, dan kulit berkeruping pada kawasan alat sulit, tangan, dan kaki (terutamanya sekitar kuku dan tapak tangan dan kaki) mungkin berlaku pada fasa berikutnya. Sesetengah simptom sebegini mungkin tenggelam timbul sepanjang tempoh sakit. Kanak-kanak biasanya menghadapi kesukaran berasa selesa dan sentiasa resah. Jika dibiarkan tanpa rawatan, simptom mungkin akhirnya surut, tetapi coronary artery aneurysms tidak bertambah baik, menyebabkan peningkatan risiko kematian atau kecacatan akibat serangan jantung myocardial infarction.
Apabila demam telah reda, ruam, kemerahan mata dan noda limpa yang bengkak selalunya hilang. Kulit akan mula mengupas di bahagian kuku kaki dan kuku tangan, selalunya bermula semasa minggu ketiga penyakit ini. Kulit pada tangan dan kaki mungkin mengupas dalam cebisan-cebisan besar ataupun dalam satu cebisan sahaja (seperti seekor ular menggugurkan kulitnya). Lutut, paha, dan pergelangan kaki boleh bertambah radang dan sakit.
Kadang-kala, sakit sendi dan keradangan masih beterusan walaupun gejala yang lain telah hilang. Garisan melintang yang mendalam di kuku bahagian tangan dan kaki, yang wujud semasa penyakit ini, mungkin masih kelihatan selepas beberapa bulan sehinggalah kuku bertumbuh semakin panjang. Jika cepat dirawat, risiko ini kebanyakannya boleh dielakkan dan tempoh sakit dikurangkan.
